案件审查是调查机构内部在调查终结后对调查程序合法性的审查，沿袭并完善了《环境行政处罚办法》的原有规定而保留，法制审核则来源于“三项制度”中的重大执法决定法制审核制度和《行政处罚法》的规定，目的在于确保生态环境部门作出的重大处罚决定合法有效。二者皆有保障依法行政、确保处罚决定准确合法之功能，在理解其差异和独立价值时应注意以下几点：

出于执法效率和执法成本考量，只有符合法定条件的重大复杂案件需经过法制审核，而所有普通程序案件经过案件审查。因此，案件审查承担了用普通程序处罚案件最低限度的合法性审查功能，而法制审查主要在于对重大复杂案件处罚决定合法有效。同时，还要防范在申请法院强制执行、行政复议、行政诉讼时潜在的法律风险，法制审核属于更高标准的审查要求。

案件审查偏重于对调查活动的监督和把关，通过对案件来源、立案程序、证据收集程序和方式、证据材料的形式和内容，调查报告中提出的事实和证据、初步处理意见等进行全面审查，预先发现并指出调查过程中存在的问题，监督执法人员及时改正。对违法事实不清、证据不充分或者调查程序违法的，退回调查人员补充调查取证或者重新调查取证，要求其进行必要的程序补充更正，纠正程序违法，在前端最大可能降低违法风险。

法制审核更偏重于通过全面、独立、专业的判断，协助负责人作出法律风险低、合法有效的决定。

案件审查偏重于对调查活动的监督和把关。因此，审查人员非本案调查人员即可，无特定专业要求。案件审查通常为调查机构内部组织开展，无法独立于调查机构。

而法制审核的目的在于确保生态环境部门作出的重大处罚决定合法有效。因此，法制审核需要更强的专业性和更高的独立性。鉴于此，《办法》规定，负责法制审核应由专门的法制审核机构或者审核人员进行，并且根据程序设置目的，审核机构或人员应当独立于调查机构，并可以借助专家、法律顾问的专业性和独立性辅助审核判断，确保处罚决定的合法有效。

法制审核内容更加全面，除了对案件审查问题的查漏补缺外，法制审核更强调独立、专业和全面的判断，如调查机构难以考虑到的因素，行政执法文书的完备性和规范性。同时，相较于案件审查，法制审核处于处罚流程更靠后位的环节，尤其是在陈述、申辩或听证之后。因此，法制审核应当增加对当事人陈诉、申辩和听证程序的审查，如当事人是否进行了陈述、申辩，是否充分听取当事人意见，当事人提出的事实、理由和证据，是否复核，是否采纳，不予采纳的，是否说明了理由；听证程序是否合法等。

案件审查后，对违法事实不清、证据不充分或者调查程序违法的，审查人员应当退回调查人员，补充调查取证或者重新调查取证。对不属于本机关、本部门管辖的案件，建议移送有管辖权的部门处理；对不构成行政违法、超过行政处罚追责期限、无法进行补充调查、重新调查或者补充调查、重新调查仍不能达到证据标准，不能证明违法的，提出撤销案件的建议；符合处罚条件的，进入下一步程序。

法制审核后，对主要事实清楚、证据充分、程序合法、内容适当、未发现明显法律风险的，提出同意的意见；对主要事实不清、证据不充分、程序不当或者适用依据不充分、存在明显法律风险但是可以改进或者完善的，指出存在的问题，并提出改进或者完善的建议；对存在明显法律风险，且难以改进或者完善的，指出存在的问题，提出不同意的审核意见。