不同的食品工厂由于产品种类不同, 故污染的霉菌种类也有所差异。共同的污染源可能来自于水、通风良否、操作人员与食品原料。

1、高湿度和水汽引起的霉菌污染

高湿度场所的霉菌污染，湿度高于85-90%的环境，霉菌会生长很快。

食品加工过程中常产生大量水汽，易造成墙壁潮湿及泠凝水形成的情况。

木质及混凝土结构的建材也会附着霉菌，故食品工厂内，宜少用木质的物体。

2、空气流动传播的霉菌污染

霉菌通过空气流动传播，生产车间空气净化效果不理想导致外界霉菌入侵。

在建筑物的构造中，应保持通风才不易产生霉菌。

在一些通风不良的地方，由于原料附着以及使用易吸湿的混凝土、木材及纤维等材质时，一旦有霉菌生长时，霉菌孢子会四散飞扬，其蔓延速度非常快速，直接或间接的污染成品、输送带、机械与操作人员手指等处。

当工厂旁为果园，果实成熟开始腐烂长霉时，空气中的霉菌也特别多，此时也易造成工厂内空气的污染。

在湿度高及通风不良的场所，可看见枝孢霉、交链孢霉等霉菌生长。

3、水环境中的霉菌污染

一些水槽、水桶、水管、自来水的水龙头、自来水管、地板与底板等处，由于长期贮水，所以污染情形特别常见。

如：

车间地面、明沟、气帽有积水潮湿；

冷凝水的管路、墙壁、天花板、空调口等；

生产过程产生的液体废弃物未及时清理出车间；

离墙离地近的设备表面、潮湿墙面、冷风机容易产生冷凝水滋生霉菌。

这些水环境中的霉菌，属好湿性霉菌（孢子在Aw0.9以上萌发，在 Aw1时为其最适生长Aw），在自然环境中孢子形成粘块状，当接触水的瞬间即四散飞去，孢子粘块也会借空中浮游，造成污染。

4、人员、物料不洁的霉菌污染

操作人员和物料也是霉菌的污染源。

包材的污染，如瓦楞纸箱包装或罐装食品的包装袋、包装瓶、瓶盖等；

生产过程防护不当造成的霉菌污染；

进入车间的人员手部消毒不彻底、不洁净衣物；

物料不洁净带入霉菌。

5、食品原料的霉菌污染

食品原料中一些壳粉原料、畜肉、糖质原料、蔬菜与水果等所舍的霉菌，在工厂内的加工过程中四处飞散，往往造成工厂内的霉菌污染。

在肉品加工厂内的瓷砖上污染的霉菌，主要为PhomaAureobasid ium（为空气中的霉菌）。

在面包制造厂的搅拌机的外壁上，可发现黑色斑点状的霉菌，此类霉菌为壳粉原料中的主要霉菌一一曲霉。

1、清洁生产车间的内部工具

保持生产车间内部工具的清洁和卫生，特别要注意一些卫生死角，要严格的检查清理，每半个月需要深度清洁一次。如操作案面的背面，天花板、墙壁、制冷风机的卫生清理，清理卫生后所有的墙壁、天棚、设备、器具、案面表面要用酒精擦两遍以上，尤其注意清理制冷风机的散热片和冷气的出风口以及内部电机叶片，这是一个很容易忽视的角落。

2、控制生产车间的温度和湿度

由于生产车间的温度过高或者湿度过高，都会促使霉菌的加速生长，因此，为了更好地抑制霉菌的生长，车间的温度需要控制在24度以下，湿度需要控制在55%以下。

3、对生产车间内部空气进行消毒

一个细菌在24小时内会繁殖成百上千甚至上百万细菌，因此，不管是白天还是黑夜，都要对车间内的空气消毒。

白天可以采用动态空气消毒设备对空气消毒，晚上工人下班后可以采用臭氧或者紫外线对空气消毒，这样可以防止空气中滋生细菌累加到白天，造成对产品不利。

4、对生产车间内部工具进行消毒

每天班前、班后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、围裙套袖、预冷库和库门、速冻库门、包装室、工器具消毒间使用75%的酒精喷洒消毒，班中每2小时对风机、墙壁、下水道实施75%的酒精喷洒，杀灭菌。

5、对工作人员的服装进行清洗和杀菌

人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染（不可在有人情况下杀菌）。

6、对生产车间内需要保持空气流通

保证车间风机的正常运转，保证车间内部空气能够达到要求指标，空调的换气程度好坏直接影响到霉菌的产生。如果车间能保证及时将含有大量水份的空气排出车间，则极大程度缩小了可能存在霉菌的可能性。若是有条件的厂家，建议在新回风管道内安装动态杀菌装置，防止管道内壁、过滤器及空调表冷器滋生细菌，给食品安全形成卫生隐患。