1995年，第八届全国人大常委会第十六次会议通过的《中华人民共和国食品卫生法》（2009年6月1日废止），是为保证食品卫生，防止食品污染和有害因素对人体的危害，保障人民身体健康，增强人民体质而制定的法律。该法要求：食品生产经营企业和食品摊贩，必须先取得卫生行政部门发放的卫生许可证方可向工商行政管理部门申请登记。未取得卫生许可证的，不得从事食品生产经营活动。食品生产经营者不得伪造、涂改、出借卫生许可证。卫生许可证的发放管理办法由省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门制定。

2005年，原卫生部发布《食品卫生许可证管理办法》（2018年6月7日失效）。该规范性文件规定，任何单位和个人从事食品生产经营活动，应当向卫生行政部门申报，并按照规定办理卫生许可证申请手续；经卫生行政部门审查批准后方可从事食品生产经营活动，并承担食品生产经营的食品卫生责任。

2009年，《中华人民共和国食品安全法》公布实施，同时《中华人民共和国食品卫生法》废止。其中规定：食品流通和餐饮服务统称为食品经营；从事食品流通、餐饮服务，应当依法取得食品流通许可、餐饮服务许可；取得食品生产许可的食品生产者在其生产场所销售其生产的食品，不需要取得食品流通的许可；取得餐饮服务许可的餐饮服务提供者在其餐饮服务场所出售其制作加工的食品，不需要取得食品生产和流通的许可。

2009年，原国家工商行政管理总局发布《食品流通许可证管理办法》（2015年11月10日废止），主要规定了食品流通许可的申请受理、审查批准以及相关的监督检查等行为。食品流通许可证由原工商部门颁发，在2014年10月23日之前，国务院规定对食品经营者必须坚持先证后照，未取得前置审批文件，不得办理注册登记手续；2014年10月23日，国务院通过关于取消和调整一批行政审批项目等事项的决定（国发〔2014〕50号），改为后置审批，规定对食品经营者必须先照后证。

2010年，原卫生部发布《餐饮服务许可管理办法》（2022年5月1日废止），规定餐饮服务实行许可制度。餐饮服务提供者（不含食品摊贩和为餐饮服务提供者提供食品半成品的单位和个人）应当取得《餐饮服务许可证》，并依法承担餐饮服务的食品安全责任。集体用餐配送单位纳入餐饮服务许可管理的范围。餐饮服务许可证由原食品药品监督管理部门颁发并管理。

2015年，原国家食品药品监督管理总局发布实施《食品经营许可管理办法》，在我国，从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。将食品流通许可证、餐饮服务许可证合并为食品经营许可证。

2017年，《食品经营许可管理办法》修订明确，市场监督管理部门制作的食品经营许可电子证书与印制的食品经营许可证书具有同等法律效力。

2018年，《市场监管总局关于加快推进食品经营许可改革工作的通知》中提出试点推行“告知承诺制”，要求各地对新申请食品经营许可（限仅从事预包装食品销售）、申请变更许可（限经营条件未发生变化）、申请延续许可（限经营条件未发生变化）的，要试点推行“告知承诺制”。对餐饮服务经营者申请在就餐场所销售饮料等预包装食品的，不需在食品经营许可证上标注销售类经营项目。

2020年，《国务院办公厅关于全面推行证明事项和涉企经营许可事项告知承诺制的指导意见》中规定，对涉企经营许可事项，申请人就其符合许可条件作出承诺，通过事中事后监管能够纠正不符合许可条件行为、有效防范风险的，实行告知承诺制。

2021年，《中华人民共和国食品安全法》进行了第二次修正，明确仅销售预包装食品的，报所在地县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门备案即可，不再需要取得食品经营许可。同年12月，国家市场监督管理总局发布《市场监管总局关于仅销售预包装食品备案有关事项的公告》，就仅销售预包装食品备案有关事项作出了详细规定。