(1)食品原料在加工、运输、储藏、销售的各个环节中由于被病毒携带者直接或间接触而被污染,如甲型肝炎病毒等。

(2)人和动物可通过粪便、尸体等使携带的病毒污染各种食物、用具和水源,并由口进入消化道感染健康的人或动物,如呼吸肠道病毒等。

(3)健康的人或动物在与携带病毒的人或动物接触后而感染病毒,并随着人或动物的流动而广泛传播,导致恶性循环。

(4)一些昆虫诸如蚊、蝇、鼠类、跳蚤等可作为某些病毒的移动传播媒介,造成食品污染,并通过食物链的传播逐级感染。

(5)受病毒污染的食品被人或动物吸收后,又可随着粪便、唾液等排出体外,造成二次污染。

主要存在于人粪便和下水道中，室内表面是致病性病毒的可能来源和集结地，江河口贝、甲壳类生物体内一般可以发现到肠道病毒。如甲肝病毒、戊肝病毒、脊髓灰质炎病毒、诺如病毒（NV）、肠道病毒71、柯萨奇病毒。

指在一些动物与人类之间传播的病毒。人类可经多种途径染上病毒：直接接触动物或这些动物所污染的物件；被蚊子等带菌病媒所咬；以及饮用受污染的食水或进食受污染的食物(属食源性人畜共患病)。如禽流感病毒。

能够浸染动物并在宿主细胞内生存的蛋白质，它只有蛋白质、无核酸、既有感染性，又有传染性，如疯牛病。

以上述三种病毒为例，可见病毒的消灭并不容易，但传统消灭病毒的工艺中仍然以热处理最有有效，能够明显减少病毒含量，有研究表明，牛奶在65-75℃范围内，当温度升高时，HAV数量迅速减少，其原理可能是高温改变了病毒上衣壳蛋白结构的改变。近年来，科研人员也正在研究其他新型处理技术对食源性病毒的消毒影响，主要有高静压技术、紫外线技术、辐照技术等。

而另外一种策略是应从源头加以控制。